Материалы за 27.02.2009

CCG Molecular Operating Environment v2008.10 ISO

В последнее десятилетие задача по поиску удачных активных молекул заметно упростилась благодаря компьютерному моделированию. Molecular Operating Environment позволяют создавать модели связывания активных веществ с рецепторами, изменения в молекуле при попадании в тело человека. Таким образом, уже на теоретическом этапе можно отобрать лишь те молекулы, которые с наибольшей вероятностью окажутся эффективны.

Molecular Operating Environment v2008.10 highlights:
Structure Activity Report
- Visualize and analyze SAR data in a web-browser
- Calculate heat maps, graphs, tables, plots, etc...
- Detect scaffolds, align molecules and R-groups
Antibody Modeler
- Generate antibody homology models with specialized protocols
- Search antibody sequence and structure databases
- Incorporate in-house structures to antibody structure collection
Protein Sidechain Library
- 35,500 sidechain conformations from high quality data
- Non-polar hydrogens added to improve sidechain packing accuracy
- Use in loop modeling and rotamer exploration
Small Molecule Scaffold Database
- Use in scaffold replacement applications
- Search over 800,000 fragments
- Generate fragments using new sdfrag application
BREED: 3D Ligand Generator
- Generate novel 3D ligands from aligned molecules
- Specify a receptor for structure based projects
- Calculate medicinal chemistry properties and MM/GBVI scores
Surfaces and Maps
- Read and write grid data files (CCP4, CNS, CCG format)
- Display 3D interaction potentials
- Calculate electron densities and lipophilic potential surfaces